Filipe, ¿ una solución podría ser tener todas las facturas en pdf en una carpeta que no sea accesible desde web, y un proceso en web cuando se quiera consultar una factura que la copie a otra carpeta temporal accesible web para abrirla y despues que se borre. ?
Yo para generar los documentos en PDF uso JasperRepor y un demonio en el servidor. Ya que desde un demonio no se pueden hacer impresiones de velneo a una impresora pdf y asi evito tener una sesión de vclient.